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Using STARs readspergene. tab. out outputs to make gene-level count . . .
I have finished RNA alignment using STAR, and got ReadsPerGene out tab outputs I am trying to use tximport to build a gene-level count matrix for DESeq2 analysis using the STAR outputs
RNA sequencing data analysis using R and the Artemis HPC
The STAR-generated count table is called DATASETNAME_ReadsPerGene out tab We can download it from our HPC server, load it into R, and explore it using standard R libraries
RNA-seq: Explain STAR quantMode geneCounts values - biostars
STAR outputs read counts per gene into ReadsPerGene out tab file with 4 columns which correspond to different strandedness options: column 1: gene ID column 2: counts for unstranded RNA-seq column 3: counts for the 1st read strand aligned with RNA (htseq-count option -s yes)
不错！STAR直接生成RNA-seq的基因定量结果 - 简书
程序运行结束后，除了比对模式应该生成的文件外会多一个文件 ReadsPerGene out tab，内容如下：
R语言批量读取文件与合并结果 - 知乎
2 批量数据（文件）的读入首先看读入的文件是什么格式，然后选择适合R包里的函数读取。这里文件的后缀是tsv，用 readr包里的read_tsv函数。下载的文件是压缩格式，首先用read_tsv函数试试读取解压后和未解压的的单个文件看是否成功，以及是否需要调参数。批量读取文件，选择什么方式来实现
STAR直接就可以输出readsCount，为什么还需要featurecounts？-CSDN博客
假设我们用 STAR 比对后，做了转录本拼装，获得一个拼装比较后的注释文件 assembeCompare2Ref annotated gtf，对新基因或有新转录本的基因进行定量时，就需要再次计算了。下面代码显示的是 htseq 的计算方式， featureCounts 改一下也适用。
How to merge STAR output reads Counts ReadsPerGene. out. tab?
The ReadsPerGene out tab output files of STAR (from option –quantMode GeneCounts) contain 4 columns that correspond to different counts per gene calculated according to the protocol’s strandedness
STAR manual - AdaWongCorner - 博客园
生成两个文件： 1） Aligned toTranscriptome out bam 2） ReadsPerGene out tab PART6 2-pass mapping 为了能准确发现新的剪切位点，力推使用STAR的 2-pass mode。这并不是说增加检测的新剪切位点的数目，而是增强了检测到可变剪切reads比对到新剪切位点的能力。