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vasp做过渡态经验 lt;一 gt;：NEB - 第一性原理 (First Principle . . .
NEB具体算法原理可见sob老师的帖子：过渡态、反应路径的计算方法及相关问题 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元最好使用vtst tool版本的vasp，里面有很多好用的算法，比原版vasp好用。编译方法见官网：Transition State Tools for VASP
有什么好用的生物医学科研【在线】小工具？ - 知乎
NEB 官网上有 20 个小工具（Molecular Biology Research Tools），其中我最常使用的几个小工具如下： 1 生物计算器（NEBioCalculator）网址：NEBioCalculator 实用指数：★★★★★
NEB 中国 - 知乎
除此之外，NEB 还为糖生物学研究提供品类齐全的糖苷外切酶。糖苷外切酶用于从寡糖或多糖非还原端的糖苷键裂解单糖。我们的糖苷酶多数为重组试剂，均经过多次严格的质量控制检测，因此所提供的的产品单位成本更低、纯度更高、批间差更小。此外，所有…
cp2k做NEB时用的是什么优化算法呢？ - 第一性原理 (First . . .
这时候就发现cp2k似乎没有像vasp那样有如此多的优化算法，那么他用的是啥呢？在官网似乎只找到了如下的优化算法。还有cp2k在做neb的时候可以一起优化cell么？如何实现呢？
如何根据载体，判断引物加酶切位点及保护碱基? - 知乎
引物设计酶切位点添加保护碱基引物包括3部分:3‘端和模板互补的部分;5’端不必和模板互补（比如酶切位点的添加）;酶切位点一端的保护碱基的添加。
NEB方法搜索固态电解质中锂离子迁移路径，构建初末态结构 . . .
正在用VASP计算固态电解质的锂离子迁移路径，采用NEB方法，但是构建末态结构的时候有几个小问题，特来求助各位大牛。希望大牛有时间可以指点一二。
用CP2K的CI-NEB计算过渡态疑问 - 第一性原理 (First Principle . . .
但是在用NEB时有些疑问。 1 我用idpp脚本插了6个点，这些结构是不是都可以写入 Replica 中，（我看见官网的算例只是写入了初末态结构或者部分插点）把这些插的构象写入INP 会对计算有帮助么？还有这个顺序有讲究么？（我是按初，末，1,2,3,4,5,6这样
求助计算cp2k官网NEB例子出错。 - 第一性原理 (First . . .
第4届北京科音第一性原理与CP2K培训班将于4月19-22日于北京举办。这是全面、完整、深入、系统性学习第一性原理计算和CP2K使用的一年一度的关键的机会，报名正在进行中，请点击此链接查看详情和报名方式，欢迎参加！