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- RiboTag: Ribosomal Tagging Strategy to Analyze Cell-Type . . . - PubMed
Ribosome tagging has become a very useful in vivo approach for analyzing gene expression and mRNA translation in specific cell types that are difficult and time consuming to isolate by conventional methods The approach is based on selectively expressing a hemagglutinin A (HA)-tagged ribosomal prote …
- Ribo-seq：检测正在翻译的mRNA信息，连接转录组学与蛋白 . . .
Ribo-seq的技术核心是识别与核糖体结合的mRNA以及正在被翻译的约30个核苷酸。 对核糖体结合的mRNA片段进行测序，能够精确记录核糖体在翻译过程中的位置。 将转录组与Ribo-seq数据联合分析，可以计算出蛋白质的合成速率。 技术特点 Ribo-seq能够揭示蛋白合成的时间、地点、位置、哪些蛋白质正在被合成以及蛋白质合成的调控机制。 Ribo-seq搭建了从 转录组学 到 蛋白质组学 之间的桥梁，已经广泛应用在动物、植物和微生物的研究中，用于揭示生长发育、形态建成、疾病发生、逆境胁迫响应的调控机制。 应用方向 Ribo-seq应用于研究转录本的翻译活性、鉴定翻译起始位点、 ORF 位置和蛋白质的翻译调控机制。
- 国自然热点 | 翻译组测序Ribo-seq—连接转录组和蛋白组的桥梁
Ribo-seq 是最常用的一种翻译组测序技术，该技术利用RNA酶消化细胞中的RNA，得到被 核糖体保护 的正在翻译的RNA片段（ribosome footprints, RFs），然后对这些被核糖体保护的30nt左右的RNA片段进行富集、深度测序、分析。 Ribo-seq可以研究细胞内基因翻译的水平、区域、速率等，结合转录组、小RNA测序、蛋白组等进行关联分析，可以更精确地研究转录后调控、翻译调控机制 实验流程 样本类型 1 细胞：数量≥1x107 2 组织：质量≥150mg 细胞样本需要用Cycloheximide （吉凯基因提供）进行预处理，再液氮速冻寄送； 组织样本也需要用含Cycloheximide的PBS清洗再液氮速冻，实在没有，可以直接速冻，做过实验比较有效；
- RiboTag：用于分析体内细胞类型特异性 mRNA 表达的核糖 . . .
两种标记核糖体的方法都有利于核糖体结合 mRNA 的免疫沉淀及其通过 qRT-PCR 或 RNA-Seq 的分析。 该协议将讨论技术程序并描述与数据分析相关的重要考虑因素。
- sncRiboTag-Seq: Cell-type-specific RiboTag-Seq for cells in low . . .
This protocol describes cell-type-specific expression of tagged ribosome and the use of ribosome tagging followed by RNA-seq to identify translatome of low number and sparse cells in mouse brains without disruptive cell isolation
- RiboTag-based RNA-Seq uncovers oligodendroglial lineage-specific . . .
Using RiboTag-based RNA sequencing in genetically modified Olig2-Cre RiboTag mice, we identified 1,556 upregulated and 683 downregulated genes in EAE OLCs Enrichment analysis indicated heightened immune-related pathways, such as cytokine signaling, interferon responses, and antigen presentation, while downregulated genes were linked to
- RiboTag: Not Lost in Translation | Neuropsychopharmacology - Nature
The RiboTag and BacTRAP (Translating Ribosome Affinity Purification) methods allow for immunoprecipitation of ribosome-associated RNA from specific cells within complex tissues by expressing
- (PDF) RiboTag: Ribosomal Tagging Strategy to Analyze . . . - ResearchGate
Both methods for tagging ribosomes facilitate the immunoprecipitation of ribosome‐bound mRNAs and their analysis by qRT‐PCR or RNA‐Seq This protocol will discuss the technical procedures and
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