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- Slingshot: cell lineage and pseudotime inference for single . . . - PubMed
Slingshot is a uniquely robust and flexible tool which combines the highly stable techniques necessary for noisy single-cell data with the ability to identify multiple trajectories Accurate lineage inference is a critical step in the identification of dynamic temporal gene expression
- 【单细胞】轨迹分析-slingshot - 简书
Slingshot工具是一个R包，运行需要输入包含用于谱系推断的坐标矩阵的数据对象。 支持的类型包括：matrix、SingleCellExperiment、SlingshotDataSet、PseudotimeOrdering。 对象中同时需要包含降维数据矩阵（类似基因表达矩阵）和聚类标签向量 (聚类赋值矩阵，类似seurat对象中的meta data数据），由于Slingshot工具的灵活性，我们可以使用矩阵数据进行降维聚类后分析，也可以直接使用降维聚类完成的Seurat对象进行分析。 1 导入需要的R包 2 加载输入文件 我们使用一个老鼠的测试数据 对于Seurat的单细胞数据,我们可以直接转化成SingleCellExperiment
- 比monocle更快的slingshot-CNS高分文章常用 - 腾讯云
slingshot包可以对单细胞RNA-seq数据进行细胞分化谱系构建和伪时间推断，它利用细胞聚类簇和空间降维信息，以无监督或半监督的方式学习细胞聚类群之间的关系，揭示细胞聚类簇之间的全局结构，并将该结构转换为由一维变量表示的平滑谱系，称之为“伪
- Slingshot | 细胞分化轨迹的这样做比较简单哦！~（一） - 知乎
这里我们用 2 种方法来试试， PCA 和 UMAP。 在做 PCA 的时候，大家尽量不要对基因的表达量做 scale，这样的结果会更准一些。 然后我们把结果存在到之前的 SingleCellExperiment 文件 sce 里吧。 这里我们也提供 2 种方法吧， Gaussian mixture modeling 和 k-means。 当然，你也可以把 type 设置为 lineages，模拟以 cluster 为单位的变化过程。 示例数据都比较小，但实际你测完的数据可能会非常大。 这个时候我们要加上一个参数， approx_points，默认是 150，一般选择 100-200。
- 一篇软文教你搞定单细胞拟时序分析新工具—Slingshot
Slingshot 是2017年由加州大学的Kelly Street等人 [1] 开发的一个用于推断细胞谱系分化结构和顺序的工具，它由两个主要阶段组成：谱系结构的推断，以及每个谱系细胞的伪时间变化的推断。
- Slingshot: cell lineage and pseudotime inference for single-cell . . .
We introduce Slingshot, a novel method for inferring cell lineages and pseudotimes from single-cell gene expression data In previously published datasets, Slingshot correctly identifies the biological signal for one to three branching trajectories
- Slingshot: cell lineage and pseudotime inference for single-cell . . .
We introduce Slingshot, a novel method for inferring cell lineages and pseudotimes from single-cell gene expression data In previously published datasets, Slingshot correctly identifies the biological signal for one to three branching trajectories
- 单细胞转录组学轨迹分析解析3-Slingshot代码解析 - 腾讯云
本文解析了单细胞轨迹分析中的拟时序分析，重点介绍了使用Slingshot软件进行轨迹推断的两步过程：基于聚类的最小生成树识别谱系结构和拟合同步主曲线。
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