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- scaffold 在基因中是什么? 希望能清楚点解释 - 知乎
scaffold 其实是基因组组装时的概念。涉及到的相关概念如下： reads：就是我们测序产生的短读序列，通常一代和三代的reads读长在几千到几万bp之间，二代的相对较短，平均是几十到几百bp。 contig：中文叫做重叠群，就是不同reads之间的overlap交叠区，拼接成的序列就是contig scaffold: 是比contig还要长的
- 如何oku? - 知乎
scaffold直接翻译过来是脚手架。 这个概念和“测末端”有关。 简单地说，你测序的时候筛选到了20kb长的片段，但是一代和二代都测不通，只能测两端很短的序列。 这时候你有了这个20kb的片段两端的序列，以及这两段序列之间的距离（20k）。
- 如何将sgRNA和sgRNA scaffold连接到cas9载体上? - 知乎
SgRNA scaffold设计:sgRNA scaffold是一个特定的RNA结构，它与SGRNA结合并促进Cas9蛋白的切劃活性通常，sgRNA scaffold的序列是已知的，并且可以在许多载体中找到。 2 准备Cas9载体 获取包含Cas9蛋白表达框的载体，这个载体可以是商业化的，也可以是实验室内部构建的。
- 如何设计crisper-dcas9系统的gRNA，具体步骤是什么？ - 知乎
tracrRNA（在CRISPR-Cas9编辑技术中被优化并命名为gRNA scaffold），它负责与Cas9结合，与重复序列具有同源性。 crRNA为引导序列，约20个碱基，具有特异性。
- 自塾 - 知乎
scaffold-dbcontext（数据库上下文脚手架）指令用来来生成models和context，这样我们操作数据库就省去了写SQL，方便多了。 使用Scaffold-DbContext命令需要项目中安装 Microsoft EntityFrameworkCore Design 和 Microsoft EntityF…
- 常见的Cas12a酶类它们的crRNA的直接重复序列（又名DR区或Scaffold区）序列有什么不同？ - 知乎
关于Cas12a crRNA的直接重复序列（DR区或Scaffold区）的具体序列，这个信息可以因物种来源的Cas12a酶而异。 通常，DR序列是crRNA中高度保守的部分，它在生物体的CRISPR阵列中重复出现，分隔每个spacer序列。
- 关于三代基因组组装问题，有什么较好的方法可以消除这些indel？ - 知乎
关于三代基因组组装问题，有什么较好的方法可以消除这些indel？ 使用pacbio数据对一个基因组做了组装，用二代数据比对到组装的scaffold上发现indel含量有点高，有什么较好的方法可以消除这些indel 关注者 10 被浏览
- 二代测序组装完整基因组，有映射比对组装 (mapping assembly)软件推荐吗？ - 知乎
题主的归纳有一些问题，所以对答主有误导。组装确实分为两种，但是是de novo和reference-guided，后者基本上没有人用；我们所说的assembly的方式，通常指的是contig（最多到scaffold层次）的组装方式。 scaffold到superscaffold或者chromosomes一般没有这样去分类，题主步骤中第7步的“mapping assembly"就是这个步骤
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